En Metzquititlán hay gran variedad de plantas, árboles y animales que podemos
encontrar en sus diferentes regiones debido a sus diferentes climas, en cuanto
a flora de cualquier especie podemos mencionar:
- Nogales
- Bugambilias
- Palma
- Duraznos
- Naranjas
- Arboles de mandarina
- Aguacate
- Papaya
- Mezquite
- Pirul
- Nochebuena
- Granadilla
- Granada
- Zapote
- Higo
- Chirimoya
- Cactáceas como la biznaga, cactus, los llamados viejitos, nopaleras, garambullos. (Estos pertenecientes a la Biosfera de la Barranca de Meztitlán)
- Arboles de pino y oyamel en la región de carpinteros
- Ocote
- Encino
- Sauce
En lo
referente a la fauna en nuestro municipio encontramos algunas especies como:
- Conejos
- Ardillas
- Alacranes
- Armadillo
- Coralillos
- Víboras de cascabel
- Colibríes
- Pájaro carpintero
- Diversa variedad de arácnidos e insectos
- Zorrillos
- Tejón
- Coyotes
- Tlacuache
- Lagartijas
- Gorrión
- Golondrina
- Palomas
- Pichones
- Calandrias
- Gorrión
- Zopilote
- Águila
- Halcones
- Jilgueros
- Cenzontle

- cuapiotes
- zorros
- tuza real
- pájaros cardenales
- huitlacoches
- godorniz
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